目前，三元桥站有两个地铁口可供换乘。
A口和B口都可以进入三环内的三元桥，C口可以沿三环辅路向南走一段距离后左转，进入朝阳区来广营地区的区域。 D1和D2出入口在站内换乘，D1可以去D2，二者通过连接通道相连，不过由于D2目前只开通了通往新宫的列车，因此需要前往新宫方向的旅客请走D1； D3 、 D4 、D5 位于出站层，其中D3开往四惠东站，D4去往北京南站，D5则通往宋家庄站。
北京地铁将新增10号线与17号线（东段）的联络线，未来可从该站点实现两条线路之间的快速换乘。 目前，地铁10号线与17号线（在建中）之间还没有直接的交通接驳，而地铁10号线内环（环线）与17号线（在建）交汇于静安寺站，两者通过地面交通的方式衔接。 此次新增的联络线工程西起三环路外的三元桥，途经海淀区的万柳地区及海淀南路、上海新村等地，终点设在北京西站南广场。 在施工过程中，将同步实施车站及周边环境整治，对改善区域环境、缓解交通压力等有重要意义。
农整升优质答主三元桥站共设有A、B、C、D四个出口。其中B1、B2、B3出口、C1、C2出口、A出口位于三环路东侧，D出口位于三环路西侧；并且B1、B2、B3出口可通往三元西桥，C1、C2出口通往燕莎桥，C口与北京赛特大厦、燕莎友谊商城、嘉茂购物中心相连；D口与燕莎奥特莱斯商场相连；此外，C口、B口也可从北京赛特大厦大厅内实现内部换乘。
三元桥地铁站周边交通四通八达，多条公交线路由此经过，东三环、北三环干线公路在此交汇，附近有赛特购物中心、燕莎友谊商城、嘉茂购物中心、燕莎奥特莱斯等大型商厦。三元桥站日均进出站量非常大，工作日约为10万人次。为疏散如此之大的进出站量，方便乘客进出车站，车站站厅分为主站厅、北侧厅、南侧厅共三部分，通过中央走廊南北贯通。三元桥的B口是北京地铁内唯一的双扶梯口。
2017年9月，三元桥大修，三环路的南北交通中断，而桥西侧的三元西桥作为主要分流桥，交通压力非常大。为了方便乘客前往三元西桥换乘公交车，地铁公司在B口增开了B3口，和B2口一样位于三环内环辅路南侧。此外，三元西桥附近还有两条公交线路的区间车临时始发，如果持有互通卡的乘客在此处换乘公交，需要出闸后再乘坐公交才能刷卡，否则地铁的出站记录将无法和区间的公交记录匹配而无法享受1小时内的换乘优惠。
